HICVはどのように関連していますか？
これらの手法は、ゲノムのさまざまな領域間の物理的相互作用の頻度を測定し、高次のクロマチン構造と長距離調節相互作用に関する洞察を提供します。一般的に使用されるHI-Cおよび関連する手法は次のとおりです。
1。 Hi-C（ハイスループットクロマチン立体構造キャプチャ）：
これは、オリジナルで最も広く使用されているHI-Cテクニックです。これには、相互作用するクロマチンセグメントの架橋、DNAの断片化、およびDNAフラグメントを一緒に連結することが含まれます。次に、連結されたフラグメントがシーケンスされ、結果のデータが使用されてゲノム全体の相互作用マップを生成します。
2。 5c（円形染色体立体構造捕捉）：
この手法はHi-Cに似ていますが、循環DNAフラグメントをもたらす別のライブラリ準備方法を使用します。循環化により、長距離相互作用をより効率的にキャプチャでき、ゲノムの特定の領域でより高い解像度データを提供できます。
3。 chia-pet（ペアエンドタグシーケンスによるクロマチン相互作用分析）：
この手法は、クロマチン免疫沈降（CHIP）とHi-Cを組み合わせて、特定のタンパク質またはヒストン修飾に関連する長距離相互作用を特定します。これは、特定の転写因子または他の調節タンパク質と標的遺伝子の相互作用をマッピングするために使用できます。
4。 plac-seq（近接ライゲーション支援クロマチンシーケンス）：
この手法は、シーケンス前に相互作用するDNAフラグメントをキャプチャするために近接結紮を利用します。これにより、従来のHI-Cメソッドと比較して高解像度で相互作用を検出することができ、相互作用シーケンスの方向に関する情報を提供できます。
5。 Hi-C：をキャプチャします
この手法は、ビオチン化RNAプローブを採用して、特定のゲノム領域間の相互作用のために濃縮します。特定の遺伝子座をターゲットにするプローブを設計することにより、Capture Hi-Cを使用すると、領域固有の方法でゲノム相互作用のターゲット分析を可能にします。
これらの各手法は、ゲノムの3次元組織に関する貴重な情報を提供し、遺伝子調節、クロマチンのダイナミクス、および核構造の理解に貢献しています。手法の選択は、多くの場合、特定の研究の質問と、解像度とマッピングの望ましいレベルに依存します。