アガロースゲルの染色方法

アガロースゲル電気泳動で核酸やタンパク質を可視化するには、ゲルを染色することが不可欠です。染色しなければサンプルがどこまで移動したか分からず、分子サイズの測定などが大幅に制限されます。エチジウムブロモイド（EtBr）など、紫外光（UV）下で蛍光を発する染料を用いると、DNA・RNAが暗い青色のバンドとして観察できます。

必要なもの

• 安全用手袋と保護メガネ（薄手で指先の動きが妨げられないもの）
• アガロースゲル
• エチジウムブロモイド（または同等の染料）
• ピペット（少量用はギルソンタイプが便利）
• ロードバッファー（例：キシレンシアノール）

手順

1. 薄手の安全用手袋を着用し、ピペットでエチジウムブロモイド（または同等染料）を少量取り出す。

2. サンプル 1 mL あたり 0.5 µg の染料を加え、手で軽く混ぜる。数回のシェイクで十分です。

3. ピペットで負電荷のロードバッファーを加える。これにより、自然光でもサンプルが見えるようになり、紫外光による分子の劣化を防げます。一般的にはキシレンシアノールが用いられ、DNA 5 kb のバンドと同速度で走ります。

4. 清潔なピペットで、染色したサンプルをアガロースゲルのウェルに注入する。注入量はウェルのサイズとゲルの厚さに合わせて調整してください。コントロールは染色せずに、分子量などの測定精度を確保します。

5. 代替手段として、サザンブロッティングを行い、DNA をニトロセルロース膜に転写し、ハイブリダイゼーションプローブで検出する方法もあります。これは染色ではありませんが、目的に応じた有効な可視化手段です。