肺炎などの細菌感染症は、動物界に由来する生物によって引き起こされる可能性が最も高いのでしょうか？

いいえ、肺炎などの細菌感染は、原核生物王国に由来する生物によって引き起こされる可能性が最も高いです。細菌は原核生物であり、動物界は真核生物領域の枝です。