外科的除去

外科手術によりいぼを即座に除去できます。医師はメスで切除するか、電気針（エレクトロカーティシス）で組織を破壊します。手術は麻酔下で行われるため痛みはありませんが、麻酔注射時に軽い痛みを感じることがあります。除去後に瘢痕が残る可能性があります。

レーザー治療

CO₂レーザーやパルス染料レーザーを用いた治療は、頑固ないぼに有効です。CO₂レーザーは高価で瘢痕が残りやすい一方、パルス染料レーザーは瘢痕が少なく、複数回（最大3回）施行することがあります。

凍結療法（クライオセラピー）

液体窒素でいぼを凍結し、組織を死滅させます。治療後1週間程度で水ぶくれができ、死んだ組織が自然に剥がれ落ちます。1回の施術で約50％のいぼが除去できるとされています。

これらの方法はすべて医師の診療が必要で、保険適用の可否や費用は診療機関によって異なります。自宅での市販薬に比べて速やかに効果が期待できますが、施術後の皮膚のケアや瘢痕リスクについても注意が必要です。