汚染がサンゴ礁に与える影響
汚染はサンゴ礁が徐々に失われる主な原因の一つです。石油、マーキュリー、下水、酸性雨などの産業毒素は、サンゴを構成するポリプを通じてサンゴ体内に入り込みます。ポリプが死滅すると新たなサンゴは形成されず、やがてサンゴ全体が死んで腐敗します。特に油漏れ、ジェットスキー、船舶の排ガス、危険廃棄物の投棄などが直接的な汚染源として問題視されています。
陸上からの汚染物質
陸上から流入する汚染は、世界中のサンゴ礁破壊の主因です。例えばカリブ海では、海洋汚染の約80％が陸上活動に起因しています。沿岸部の開発が進むと、雨水や排水が汚染物質や下水を海に運び込み、サンゴに脅威を与えます。流入水は酸素濃度を低下させ、過剰な肥料は藻類の異常繁殖（藻類ブルーム）を引き起こします。これらの藻類はサンゴの繁殖に必要な種子を覆い、成長を阻害します。
農薬とサンゴ
DDTや有機塩素系農薬は、オーストラリア・グレートバリアリーフの2006年の研究で大量のサンゴを死滅させることが確認されています。少量でもサンゴに壊滅的な影響を与え、既存のサンゴを破壊するだけでなく、新たに産卵したサンゴの成長も阻害します。
海洋ごみ汚染
海洋ごみとは、人為的に作られた物体が海や沿岸に投棄されたものです。船舶、河川や雨水の排水、排水溝から流入します。例としてはガラス、漁網、タイヤ、釣り糸、さらには船体全体があります。漁網はサンゴ礁の生物を絡めて死滅させ、サンゴ自体を切断します。また、タイヤや釣り糸、船体は新たなサンゴの産卵場所を狭めます。
放射性廃棄物
1946年から1970年にかけて、少なくとも89,472個の放射性廃棄物ドラムが海で行方不明となりました。これらは海中で拡散せず、何千年もの間放射能を保持し続け、広範囲の海域を汚染します。環境変化に敏感なサンゴは、放射性廃棄物に対する耐性が極めて低く、致命的な影響を受けます。
堆積物とサンゴ
建設活動など人間の活動による堆積物の蓄積は、サンゴ破壊の大きな要因です。沿岸都市の人口増加に伴い建設が増え、堆積物も増加します。また、ビーチの侵食も堆積物を海に運び、サンゴを覆い隠して礁を破壊します。