ゲル電気泳動の利点と他手法との比較

ゲル電気泳動は、加熱されたカバー付きのテーブル上に置いたゲルを通してDNA断片を分離する手法です。ゲルの多孔質構造により、大きな断片は先に分離され、小さな断片はゲルを通り抜けます。1930年代に初めて利用されて以来、砂糖やデンプンゲルから、現在主流のアガロースやアクリルアミドゲルへと改良が重ねられました。近年はキャピラリー電気泳動も導入され、各手法の長所と短所が明らかになっています。

アガロースゲル

アガロースは海藻由来の糖で、比較的安価で安全な材料です。

• 液体状のアガロースを簡単に注入でき、試料の回収も容易。
• ゲルの濃度を調整することで、大きなDNAと小さなDNAの分離性能を柔軟に変更可能。
• コストが低く、実験室で広く利用されています。

アクリルアミドゲル

アクリルアミドはアガロースと同様に調整しやすく、特に小さなDNA断片の分離に適しています。

• 細かな孔径により、アガロースでは分離できない小サイズのDNAも解析可能。
• 高いロード容量で、同時に多数のサンプルを走査できる。
• しかし、泡立ちが起こりやすく、アクリルアミドは神経毒性があるため取り扱いに注意が必要です。

キャピラリー電気泳動

毛細管内のポリマーで熱が速やかに放散されるため、分離時間は数分で完了します。

• 結果が電子的にリアルタイムで取得でき、自動化が容易。
• サンプル数はゲル法に比べて少なく、装置は1台あたり10万ドル以上と高価。
• 試薬費も高く、導入できる研究室は限られています。