シアノバクテリア（青緑藻）

ノースダコタ州立大学の獣医学拡張部門のチャールズ・L・ストルトノウ博士は、シアノバクテリアが混入した水を飲んだ動物に対する中毒事例を報告しています。シアノバクテリアは光合成細菌で、太陽エネルギーで有機物を生成し、青緑色の色素を持ちます。河川を含む多くの水域に生息し、味や臭いの化合物を産生します。米国地質調査所（USGS）のカンザス藻類毒素研究チームによれば、これらの化合物は米国35州で人や動物の疾患、最悪の場合死亡例を引き起こしています。

腸炎ビブリオ（Yersinia enterocolitica）

主に生または加熱不足の豚肉から感染するとされますが、汚染された河川水でも感染が報告されています。症状は発熱、腹痛、血性下痢です。1980年の『Current Microbiology』誌の研究では、ベルギーの小河川から46サンプル中24株の腸炎ビブリオが分離され、これらは生化学的・血清学的に確認されました。

大腸菌（Escherichia coli）と連鎖球菌（Streptococci）

河川に大腸菌や連鎖球菌が出現する原因は、放牧動物の糞便、暴雨時の排水、老朽化した下水管や浄化槽の漏水などです。連鎖球菌はリウマチ熱、急性糸球体腎炎、猩紅熱、菌血症、毒素ショック症候群などを引き起こすことがあります。大腸菌汚染は腹痛や下痢、その他の水系感染症の原因となります。