シーケンスをFASTA形式に変換する方法

DNAシーケンスの解析には、データをFASTA形式に変換しておくことが多くの解析ソフトで必須となります。FASTAはシンプルなテキスト形式で、1行目に識別子、2行目以降に塩基配列を記載します。以下では、テキストエディタだけで手軽にFASTAへ変換する手順を紹介します。

必要なもの

• コンピュータ
• テキストエディタ（例：Windows のメモ帳、Mac のテキストエディット）

手順

1. 対象のDNAシーケンスファイル（拡張子は .txt や .seq など）をテキストエディタで開きます。
2. 最初の行の先頭に「>」を入力し、空白を含まない任意の識別子を続けます。例: >Cat_Isomerase_Exon3
3. Enterキーで改行し、2行目からシーケンス本体を書き始めます。
4. シーケンスはIUPACコード（A、C、G、T など）で表し、1行あたり最大80文字（80塩基）にします。大文字・小文字は問わず記述できます。
5. 次の行も同様に80文字ずつ入力し、必要なだけ続けます。
6. ファイルを保存します。拡張子は .txt でも動作しますが、FASTA専用の .fasta、.fa、.fna、.ffn、.frn などを使用すると解析ソフトが自動的に認識しやすくなります。