オートドック原子タイプ
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要素
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AutoDockは、基本的な要素をサポートします：H、C、N、O、F、Mg、P、S、Cl、Ca、Mn、Fe、Zn、BR、およびIはプログラム内でパラメーター化されているため、他の要素に対する物理的特性、属性、反応を認識します。これらの基本要素は、分子を形成するために使用され、結合塗布または溶媒でテストされます。たとえば、学生は1つの酸素分子、H2Oに2つの水素分子を示し、その結合速度に対してこの水分子をテストすることができます。
結合
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AutoDockは、さまざまなバインディングまたはドッキングの化学物質と要素をサポートしています。ドッキング要素の名前とラベルをユーザーインターフェイスに入力して、適切な要素を見つけて選択する必要があります。 AutoDockは、結合プロセスの表示、監視、迅速化に役立つように設計されたツールのシステムを提供します。これらにはX線結晶学が含まれます。構造ベースの薬物設計、鉛最適化、仮想スクリーニング（HTS）、組み合わせライブラリの設計、タンパク質間タンパク質ドッキング、化学メカニズム研究。これにより、学生は要素を使用して、さまざまな条件下で要素を操作し、最良かつ最も正確なテスト結果を達成できるようにすることができます。
グリッドマップ
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AutoDockのグリッドまたはグリッドマップは、要素をバインダーとペアリングおよびマッチングするために使用されます。そのためには、学生はグリッド上にそれを見つけるために、単一の文字形式で要素の化学名を入力する必要があります。 グリッド上の要素はすでに研究およびテストされており、それらの境界線はすでに定義されています。これにより、学生は詳細を入力せずに原子とバインダーを単に選択できます。したがって、AutoDockグリッドマップにより、学生は結合速度をテストしながら、原子のプロパティと境界について学ぶことができます。
要素の追加
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学生がまだAutoDockのシステムに入力されていない要素を持っている場合、問題の原子に関する正確な詳細情報を使用して、AutoDockの既存の境界ファイルを使用して入力することができます。これは、テストされる前に、AutoDockにアップロードし、調整し、精度のために再促進する必要があります。ただし、要素を追加するには、結合プロセス中および他の原子と同様に要素がどのように作用し、反応するかについての詳細な知識が必要であることに注意する必要があります。
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