組織分析
組織学者は顕微鏡を用いて細胞や組織を観察します。たとえば、組織切片を採取し、顕微鏡と他の検査手段を組み合わせてがんかどうかを判断します。
法医学的証拠の検査
犯罪現場で採取された証拠は肉眼では見えない情報を含むことがあります。銃弾の溝痕などは顕微鏡で観察し、特定の銃から発射されたものかどうかを照合できます。
生態系の健康評価
野外生物学者は、河川などの生態系の健康状態を顕微鏡で観察し、一定期間における生物の数や多様性を把握します。
細胞内タンパク質の役割研究
研究者は顕微鏡を使い、細胞内のタンパク質機能を調べます。最新の技術では、タンパク質に蛍光タグなどを付け、活細胞内での挙動をリアルタイムで観察できます。
原子構造の観測
原子間力顕微鏡（AFM）など高度な顕微鏡は、個々の原子表面を直接観測し、材料科学やナノテクノロジーの研究に貢献しています。