保険料の低減

HSAは高額自己負担額（HDHP）を伴う医療保険です。自己負担額が高いほど保険料は低くなるため、従来の保険に比べて保険料が抑えられます。保険料で節約した金額はHSAへ拠出でき、自己負担額に達するまでの医療費は税金なしで支払えます。

税制上の優遇

HSAへの拠出金は課税前所得から差し引かれ、調整後総所得（AGI）を減少させます。また、口座内での運用益は非課税で蓄積され、適格医療費に使用すれば引き出しも税金がかかりません。

「使わなきゃ失う」制度がない

柔軟支出口座（FSA）とは異なり、HSAの残高は翌年へ繰り越せます。年間に医療費が発生しなくても、口座は存続し続け、利息が付与されます。

退職後の資産形成

HSAはIRAに似た貯蓄機能を持ちます。65歳でメディケアに加入した後は、医療保険の必要がなくなるため、口座残高をペナルティなしで引き出すことができます（ただし、引き出しは課税対象となります）。

拠出額の柔軟性

加入者は拠出額を自由に決められ、最低拠出額は設定されていません（医療保険の保険料を支払うことは必要）。2010年時点では、個人は年間最大3,050ドル、家族は最大6,150ドルまで拠出可能で、55歳以上はさらに年間1,000ドルの追加拠出が認められています。