ゲル電気泳動におけるトラッキング染料の役割とは？

重要性

DNA断片をサイズ別に分離し、サイズ測定や特定断片の抽出を行うために、電流を流したアガロースゲルにDNAを入れます。電流によりDNAはゲル内を移動し、孔が小さいほど小さな断片が速く移動します。

目的

DNAは無色なので、試料を見やすくするために色付きのトラッキング染料を加えます。染料はDNAの挙動に影響を与えません。

トラッキング

一般的に使用されるのは、50％グリセロール溶液中のブロモフェノールブルーです。鮮やかな青色でゲル中の進行状況が視覚的に確認でき、染料がゲル長の約3/4に達したら電流を止めます。

密度

高濃度のグリセロールにより染料は密度が高く、DNAサンプルがゲルのロードウェルに沈むようにします。これにより、上部のバッファーに浮かび上がることを防ぎます。

染料の移動速度

ブロモフェノールブルーは約300塩基対のDNAと同程度の速度で移動します。より大きなDNAを追跡したい場合は、キシレンシアノールを含む染料を使用すると、約4,000塩基対相当の速度で移動します。