大腸癌

クローン病は大腸癌のリスクを高める可能性があります。米国メイヨークリニックによれば、炎症性腸疾患（IBD）患者の約90％は癌を発症しませんが、長期的な炎症や一部の治療薬がリスクをわずかに上昇させます。

貧血

クローン病患者はしばしば貧血を伴います。腸管の炎症により栄養素、特に鉄分の吸収が阻害され、赤血球の生成が低下するためです。

骨の問題

炎症やステロイドの長期使用は骨密度を低下させ、関節炎や骨粗鬆症のリスクを高めます。喫煙も同様に骨折リスクを増大させます。

肝胆道疾患

クローン病は胆石や胆管炎など、肝胆道系のトラブルを引き起こすことがあります。国立消化器疾患情報センターでも同様の報告がなされています。

身体的合併症

腸閉塞、肛門裂傷（感染しやすい亀裂）や瘻孔（異常な組織間の通路）など、さまざまな身体的合併症が起こり得ます。これらは栄養吸収不良や排泄障害につながります。