核酸のテスト方法
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必要なもの
- pcrチューブ
- pcr cycler
- ピペットとフィルターのヒント
- グローブ
- セル
- trizolまたはその他のRNA抽出試薬
- pcrバッファー
- taqポリメラーゼ
- 1 mg/ml濃度でのRT-PCRプライマー
- rnaseフリーの水
- dntps
- mgcl2
- 1.8 mg/ml濃度でのランダムプライマー
- superScript II逆転写酵素
手順
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RNAの処理と調製
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TrizolなどのRNA抽出試薬を含む細胞を収穫します。 1 mlは、6ウェル組織培養プレートの1つの井戸から細胞を収集するのに十分です。セルは、それらを均質化してから、TRIZOLデータシートに記載されているように抽出手順を実行するために、上下に徹底的にピペットされています。簡単に言えば、クロロホルムで抽出し、次に遠心分離してDNA、タンパク質、RNAの相を分離します。無色のRNA相のみを回収し、イソプロパノールでそれを沈殿させます。インキュベーション後、それを遠心分離し、結果のペレットをいくつかのエタノール洗浄でクリーンアップします。次に、RNaseを含まない水でペレットを再懸濁します。
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逆転写のために、10ミクロリットル(UL)のRNaseを含まない水で摂氏65度のRNAを正確に5マイクログラムのRNAに変換し、すぐに氷の上に置きます。各反応について、10 ULのRNA、3 ULの10x PCR反応バッファー、2.5 ULの10ミリモルDNTP、6 Lの25ミリモルマグネシウム塩化物、1ミリリットル濃度1.8ミリグラム1.8ミリグラムのランダムプライマー1、および0.5 ULのSuperScript II逆転写酵素を組み合わせます。各反応を17 ULのRNaseを含まない水で補充します。チューブを室温で10分間、次に摂氏42度で1時間cDNAし、95度で摂氏95度に変性し、反応を止めるために氷をすばやく氷にします。
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ポリメラーゼ連鎖反応の場合、逆転写反応で作られた6 ULのcDNA、10x PCR反応バッファー1.5 ULのcDNA、0.2マイクロリットルの逆プライマー、前方プライマーの0.5マイクロリットル、10.3 ULの各チューブをRNASEFREE水の10.3 ULの上に組み合わせることにより、再び0.5 mLチューブに反応混合物を設定します。反応を実行するには、次のように30サイクルの熱サイクラー(つまり、ポリメラーゼ鎖反応を実行する機械)をセットアップします:95℃、0.5分間、摂氏60度45秒間、アニールを45秒間、最後に1分間摂氏72度を1分間拡張します。
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