細菌の種類を区別するためのプロトコル

顕微鏡的な微生物は人間に有益でも有害でもあります。そのため、微生物学者は形態や特徴に基づいて分類します。代表的な微生物である細菌は、形状・機能・構造によりさまざまに区別されます。

病原体とフローラ

一部の細菌は有害です。

細菌の最大の脅威は感染症です。しかし、すべての細菌が人体に害を及ぼすわけではありません。皮膚フローラ、泌尿生殖器フローラ、腸内フローラ、口腔フローラ、鼻咽頭フローラなど、特定の部位に常在する細菌が多数存在します。これらの常在菌は有害微生物と競合し、身体を守る役割を果たします。微生物学者は有害な細菌（病原体）と、共生的に存在するフローラを区別します。

形状と形態

細菌は形状で名前が付けられます。

細菌は形態に基づいて名称が付けられます。球状やベリー型の細菌は球菌（coccus）、螺旋状のものは螺旋菌（spirillum）、棒状のものは桿菌（bacillus）と呼ばれます。接頭辞で連鎖（strepto-）、房（staphylo-）、二つ（diplo-）などを付けて、streptococciやstaphylococciのように表現します。さらに複雑な形態として、まるで「ストローの中のゼリービーン」のような糸状細菌（filamentous）もあります。

グラム陽性・陰性

顕微鏡観察のために細菌を染色します。

細菌は染料の吸収性で分類されます。グラム染色により染料を吸収した細菌は紫色に染まりグラム陽性と呼ばれ、吸収しない細菌は赤色に対染されてグラム陰性と呼ばれます。医師はグラム染色結果を基に、最も効果的な抗生物質を選択します。

好気性・嫌気性

一部の細菌は生存に酸素が必要です。

酸素を必要とする細菌は好気性（aerobe）、酸素が無い環境でしか生育できない細菌は嫌気性（anaerobe）、酸素の有無にかかわらず生育できる細菌は通性嫌気性（facultative）と分類されます。

栄養とエネルギー

細菌は成長に栄養とエネルギーを必要とします。